בראשות הממשלה

בקיץ 1963 נכנס אשכול לתפקידו כראש הממשלה, תפקיד בו נשא עד לפטירתו בפברואר 1969. שמונה-עשר חודשים לאחר כניסתו לתפקיד, בדצמבר 1964 התפטר על רקע דרישות מחודשות במוסדות המפלגה לעסוק בחקירת פרשת לבון אך בעקבות התפטרותו נגנזו הדרישות לחידוש החקירה והוסדרה במהירות הקמתה של ממשלה חדשה. ב-1965 הוביל את המערך בבחירות הכלליות ולאחריהן הקים את ממשלתו השלישית. כמחצית מתקופת כהונתו החזיק במקביל בתיק הביטחון.

מדיניות פנים וכלכלה

בתקופת כהונתה של ממשלתו הראשונה החל אשכול בהקלת תקנות הממשל הצבאי על ידי הרחבת הפטור מרישיונות תנועה וכן על ידי איחודן של מספר מובלעות לשטח אחד. במסגרת הדיונים להקמת ממשלתו השנייה, נענה לדרישת המפלגות השותפות להיערך לביטולו המוחלט של המנגנון. בנובמבר 1966 נחתם עידן הממשל הצבאי עם החלטת הממשלה הסופית בעניינו.

לוי אשכול מתקבל באהדה על ידי אזרחים

ב-1965 קידם אשכול תכנית כוללת להתוויית מדיניות כלכלית חדשה שתסייע בבלימת המיתון. המשק סבל משביתות עובדים וגידול הלוואות מטבע חוץ. עוד נערכה הממשלה לעלייה החדה באבטלה עם השלמתם הצפויה של פרויקטים לאומיים דוגמת המוביל הארצי, הקריה למחקר גרעיני ונמל אשדוד. בקיץ 1966 עברה הממשלה מנקיטת צעדים לבלימת המיתון להוצאתה לפועל של תכנית כלכלית חדשה לייעול המשק ולעידוד התעסוקה. אשכול עקב מקרוב אחר פעולות אלו ונתמנה כיושב ראש ועדת השרים לבחינת פתרונות תעסוקה.

פעילותו להידוק הקשרים בין מדינת ישראל ויהודי התפוצות מצאה ביטויים נוספים בתקופת כהונתו ובראשם ניסיונותיו המדיניים להקלת עלייתם של יהודי ברית המועצות והקמתו של המשרד הממשלתי לקליטת עלייה. באפריל 1968 כונסה ביזמתו בירושלים הוועידה הכלכלית העולמית ובה השתתפו כ-750 יהודים. בין פעולותיו האחרונות, בינואר 1969 יזם את כינוסם של מנהיגי ארגונים יהודים מרחבי העולם.

יחסי חוץ וביטחון

במועד כניסתו לתפקיד ראש הממשלה היו יחסי מדינת ישראל עם ארצות הברית מעורערים. חששו של הנשיא קנדי מבנייתו של הכור הגרעיני בישראל איים להערים קשיים על ישראל במספר אפיקים ובראשם מדיניות הרכש הביטחוני והלחץ הבין-לאומי לסיכול ניסיונות להטייתם של מי הירדן. ב-1964 וב-1968 קיים אשכול ביקורים רשמיים בארצות הברית – ראשונים מסוגם בתולדות המדינה – וקשר קשרי עבודה חמים ותקינים עם הנשיא ג'ונסון. ב-1965 נחתם מזכר הבנות עם ארצות הברית ובו התחייבה לעצמאות ולשלמות ישראל. הסיוע הביטחוני הודק בהדרגה ובצדו שיתוף פעולה מהותי להקמת מפעל להתפלת מי ים וסיוע במוסדות האו"ם.

בתדרוך צבאי-מדיניבראשית 1964 ביקש אשכול לבחון את מכלול מערך יחסי החוץ של ישראל ולטפח את הקשר הדיפלומטי עם מדינות אסיה ואפריקה, כמשקל נגד למדינות ערב שאחדותן הלכה וגברה. בצד קיום תקשורת גלויה עם הנהגת ברית המועצות, ב-1965 כוננה ישראל יחסים דיפלומטים מלאים עם גרמניה המערבית. עוד ביקש אשכול לשקם את יחסי החוץ עם צרפת וקידם זאת אל מול הסתייגויותיו של הנשיא דה גול. לבד מביקוריו בארצות הברית, ב-1966 קיים ביקור רשמי ראשון של ראש ממשלה ישראלי במדינות אפריקה וערך מסע ביכורים בשבע מדינות. ב-1964 נתקבל בישראל האפיפיור פאולוס השישי בביקור ראשון מסוגו.

בעקבות חנוכת המוביל הארצי ב-1964 נערכה ישראל להגיב על ניסיונות מדינות ערב להטיית מי הירדן. הפגזת ישובים בצפון המדינה נענתה במערכה אווירית. החל באותה תקופה ועד לפרוץ מלחמת ששת הימים קידם אשכול מערכה ביטחונית מחושבת שבצידה מערכה דיפלומטית. תוך כדי התפתחויות אלו, במהלך 1965 החלה הממשלה בראשותו להתמודד עם חדירת חוליות מחבלים בגבולות המדינה עם סוריה, לבנון וירדן. אשכול כראש הממשלה וכשר הביטחון תמך בקיום פעולות תגמול ואלו הביאו לרגיעה, זאת בצד קידום קשרים חשאיים עם נשיא תוניסיה חביב בורגיבה ובעקבותיהם – קריאתו של אשכול למשא ומתן בין ישראל לכלל מדינות ערב על יסוד הכרה בשלמותן הטריטוריאלית של כל המדינות.

החל במחצית 1966 הופרה הרגיעה בגבולות המדינה. בחודש נובמבר חתמו מצרים וסוריה על הסכם הגנה הדדי ובצל ידיעות מודיעין על היערכות צבא מצרים בחצי האי סיני החל צה"ל בגיוס חיילי מילואים. בינואר 1967 הושגה רגיעה בהתערבות ועדת שביתת הנשק, אך זו הופרה בשנית בחודש אפריל. בהנחייתו של  אשכול גויס כח מילואים רב לתגבור מערכי הביטחון בנגב ובגליל המרכזי ובתוך כך הורה על קיום נסיונות מדיניים למניעת מלחמה, אך כאשר כשלו מאמציו ובעקבות סגירת מיצרי טירן בפני כלי שיט ישראלים, הוביל את הממשלה לתמוך במתקפת מנע על מצרים, סוריה וירדן, שהובילה למלחמת בזק של שישה ימים.

מלחמת ששת הימים

בימים שקדמו להחלטת הממשלה על המתקפה המקדימה, בשל הלחץ הציבורי הגובר הרחיב אשכול את שורות הממשלה והקים את ממשלת הליכוד הלאומי בהשתתפות נציגי רפ"י וגח"ל. במסגרת השינויים המתחייבים ממסגרת זו, נעתר ללחץ הציבורי והמפלגתי וסיים את כהונתו כשר הביטחון ביומה הראשון של המלחמה, ב-5 ביוני. שעותיו האחרונות בתפקיד היו שעותיה הראשונות של המלחמה בהן תקף צה"ל את צבאות ערב והשמיד מאות מטוסי אויב. 

ברחבת הכותל המערבי לאחר איחוד העיר

בימי הלחימה ביקש אשכול לקדם הישגים טקטיים בעזרתם יתאפשר לישראל יתרון מדיני במשא ומתן עתידי עם מדינות ערב. בששת ימי הלחימה הבאים נכבשו חצי האי סיני, רצועת עזה, הגדה המערבית, הרמה הסורית ושטח העיר העתיקה של ירושלים, אך על אף ההצלחה הצבאית, בשלהי 1967 נכזבו התקוות להישגים מדיניים ודרישותיו של אשכול לקיום משא ומתן ישיר וללא מתווכים נותרו ללא מענה. בזירה הבין-לאומית, יחסי ישראל עם ברית המועצות נותקו ומאזן החימוש הופר עם תמיכת המעצמה במדינות ערב ובצידה מדיניות האמברגו של ממשלת צרפת על ישראל והשעיית אספקת הנשק לישראל מצד ארצות הברית. המערכה כולה לוותה בביקורת רבה במוסדות האו"ם והביאה לאישור החלטה 242 של מועצת הביטחון.

המציאות הביטחונית אמנם הוטבה עם הגידול בעומקה האסטרטגי של המדינה אך גבתה מחיר כבד בהיבט המדיני והכלכלי עם הצורך שבניהול השטחים והאוכלוסיה היושבת בהם. אשכול עמד בראש ועדת השרים לענייני השטחים המוחזקים ומנע הקמתם של מוקדי יישוב יהודים, אך עם ההבנה בשלהי 1967 כי התהליך חסר אופק מדיני נראה לעין, תמכה הממשלה בהקמת היאחזויות נח"ל. החל התקופה זו ועד לסיום כהונתו הוקמו עשרה יישובים ברמת הגולן, ארבעה בבקעת הירדן וכן יישובים נוספים בצפון סיני ובגדה המערבית. עוד שימש אשכול כיושב ראש ועדת השרים לענייני ירושלים והציב לה כמטרה את הכפלת מספר תושביה היהודים. 

תקריות הגבול התחדשו לאחר המלחמה והתגברו במהלך 1968. בתקופה זו הוטבעה משחתת חיל הים אילת נחטף מטוס אל על מרומא. פעולות התגמול מטעם ישראל נמשכו בצד פעילות מדינית נמרצת להקמת אוטונומיה אזרחית בשטחי הגדה המערבית. באוקטובר 1968 הציג שר החוץ אבא אבן באו"ם את הצעת ממשלת ישראל לתכנית שלום כוללת.

בראשית פברואר 1969 לקה בהתקף לב אך נותר פעיל מביתו וב-23 בפברואר כינס בביתו את ישיבת הממשלה האחרונה בה נכח. ב-26 בפברואר נפטר וכעבור יומיים הובא למנוחות בחלקת גדולי האומה שבהר הרצל.